رحلت الحملة الفرنسية عن مصر في أكتوبر 1801م، وفي تلك الفترة سادت حالة من الفراغ السياسي والفوضى وسقوط السيادة لأي من القوى الموجودة سواء العثمانيين أو المماليك أو الفرنسيين أو الإنجليز، وقد كانت مصر من قبل الحملة وبعد دخول العثمانيين تُحكم بواسطة والي عثماني يحكم ويجمع الضرائب، والمماليك يتقلدون المناصب العسكرية أو المدنية لمساعدته.

وبعد هزيمة الفرنسيين أمام مقاومة الشعب المصري والحصار الإنجليزي للسواحل المصرية الذي قطع عنهم الإمدادات ودمر أسطولهم، وقد كان المتفق عليه وفقًا لمعاهدة التحالف البريطاني العثماني عام 1799م، أن تسلم إنجلترا مصر للعثمانيين وترحل من السواحل المصرية.

ولكن كعادة الإنجليز فإنهم لم يقفوا على الحياد حتى النهاية، وكانوا يحرضون بعض المماليك لمساعدتهم لاسترداد ما كان لهم من الحكم قبل دخول العثمانيين، فاشتعل الصراع بين المماليك والعثمانيين.

قرر العثمانيين تعيين "خسرو باشا" واليًا على مصر، ولإنهاء هذا الصراع حاول أن تكون أول وأهم مهامه التخلص من المماليك، فكان ما عرف باسم "مذبحة أبي قير".

فقد اتفق "خسرو باشا" مع "القبطان باشا" أمير الأسطول أن يدبر فخًّا للإيقاع بقادة المماليك الفارين إلى الصعيد، فأرسل إليهم "القبطان باشا" زاعمًا أن الباب العالي أرسل فرمانًا يتضمن العفو عنهم بالإضافة إلى رد ممتلكاتهم وكل امتيازاتهم السابقة إليهم مرة أخرى، ودعاهم إلى زيارته لإقامة احتفال بمناسبة العفو عنهم، وبمجرد إبحارهم أُطلق عليهم النار، وقتل خمسة منهم وجُرِح آخرين وأسروا بينهم قائد المماليك الأكبر "البرديسي".

وفي الوقت ذاته كان "خسرو باشا" الوالي يتكفل بدعوة المماليك المقيمين جوار القاهرة بالحيلة نفسها إلى مقره العسكري، وعند اجتماعهم قَبَض عليهم وألقاهم في سجن القلعة.

ولكن حليف المماليك القائد الأعلى في الجيش الإنجليزي المرابض عند الشواطئ المصرية "هتشنسون" غضب، وطالب بالإفراج عنهم بعد أن كان وعدهم بالحماية، وطلب من خسرو أن يسلمه كل من نجا من المماليك، ولذلك تعتبر تلك المحاولة قد فشلت في التخلص من المماليك.